Клиническое применение целевого секвенирования нового поколения при тяжелой пневмонии: ретроспективный обзор (Critical Care, июль 2024)

Введение: точная идентификация причины развития инфекционного заболевания, к примеру тяжелой пневмонии, является краеугольным камнем успешной терапии, а развитие нового поколения секвенирования (next-generation sequencing [NGS]) делает более эффективным выявление патогенов. С другой стороны, информация по систематической оценке клинического применения целевого секвенирования нового поколения (argeted next-generation sequencing [tNGS]) при тяжелой пневмонии очень ограничена. 

Методы: ретроспективный анализ 130 пациентов с тяжелой пневмонией, лечение которых проходило в отделении интенсивной терапии (ОИТ) в период между июнем 2022 года и июнем 2023 года. Была изучена последовательность результатов tNGS, нового поколения метагеномного секвенирования (metagenomics next-generation sequencing [mNGS]) и микробиологических посевов. Результаты, полученные при выявлении патогенов с помощью tNGS сравнивались с результатами посевов, mNGS и количественной обратной транскрипции ПЦР (quantitative reverse transcription PCR [RT-qPCR]). Для изучения эффективности мониторинга тяжелой пневмонии пять пациентов с осложненной инфекцией были выбраны для tNGS микробиологического наблюдения с дальнейшим сравнением результатов tNGS с результатами анализа на чувствительность патогенов после микробиологического посева. 

Результаты: результаты tNGS показали 70% соответствие с клиническими результатами. Выявление патогенных микроорганизмов с помощью tNGS согласовывалось с результатами микробиологических посевов, mNGS и RT-qPCR. Более того, результаты tNGS в отношении патогенов у пяти пациентов с осложненным течением тяжелой пневмонии находились в согласовании с результатами микробиологических посевов и лучевой диагностики во время лечения. Резистентность к лекарственным средствам по tNGS соответствовали результатам чувствительности (микробиологические посевы) в 65% случаев. 

Выводы: клиническое применение tNGS показало обнадеживающие результаты в отношении оценки эффективности клинических вмешательств и может стать ориентиром при выборе антимикробной терапии в случаях тяжелой пневмонии. 

Подробнее: https://ccforum.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13054-024-05009-8